A preocupação com a degradação do meio ambiente e melhorias para a saúde pública levam o engenheiro sanitarista ter um papel importante dentro dos órgãos públicos.

Esta área foi muito valorizada depois da homologação da Lei do Saneamento Básico em 2007, que determina investimentos no setor de R$ 10 bilhões nos próximos vinte anos com o objetivo de garantir a universalização dos serviços, ou seja, o acesso de todos os domicílios do país ao saneamento básico. Prefeituras, secretarias estaduais e federais, órgãos de planejamento e controle ambiental, empresas de distribuição de água e indústrias são tradicionais empregadores desse profissional.

As principais atividades do engenheiro sanitarista no setor público sâo: projeto, construção, ampliação e operação de sistemas de água e esgoto, manutenção da qualidade da água consumida pela população, do tratamento do esgoto e do lixo doméstico e industrial e do controle do lixo hospitalar. . Também avalia o impacto de grandes obras sobre o meio ambiente, para prevenir a poluição de mananciais, rios e represas. É responsável pela prevenção contra a poluição causada por indústrias e pelo tratamento de efluentes industriais. Em agências de meio ambiente e em pólos industriais, controla, previne e trata a poluição atmosférica. Pode, ainda, monitorar o ambiente marinho e costeiro, atuando na prevenção e no controle de erosões de praias.